Program studi Sistem Informasi dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi, yang mempunyai kewenangan untuk mengelola pelaksanaan kebijakan akademik dan kemahasiswaan di tingkat program studi yang dipimpinnya. Adapun pengelolaan kebijakan keuangan dan pengembangan infrastruktur, seperti yang terdapat pada fakultas lainnya dikendalikan secara terpusat oleh Universitas yang secara langsung bertanggung jawab kepada Yayasan Bina Darma melalui Rektor Universitas Bina Darma. Pengelolaan program studi yang transparan dan akuntabel menjadi prioritas utama di lingkungan Fakultas Ilmu Komputer Universitas Bina Darma.

Tata cara pemilihan pimpinan Program Studi Sistem Informasi mengikuti peraturan yang ditetapkan oleh Rektor Universitas Bina Darma tentang tata cara pengangkatan Ketua Program Studi maupun bagian lain di lingkungan Universitas Bina Darma. Program Studi Sistem Informasi juga mengikuti peraturan-peraturan lain yang dibuat di tingkat universitas dan fakultas, antara lain tentang etika tenaga akademik, etika mahasiswa, etika tenaga kependidikan, sistem penghargaan dan sanksi serta prosedur pelayanan. Hal ini mencerminkan bahwa Program Studi Sistem Informasi telah melakukan pengelolaan program studi yang bertanggung jawab dan adil.